Fra 1930-tallet og utover kom det flere nye og større skip i Hurtigruten, og "Finmarken" måtte gi fra seg tittelen som flaggskip. Mer moderne skip som "Lofoten" og "Prinsesse Ragnhild" overtok. Det skal likevel understrekes at skipets popularitet ikke minsket, og hun beholdt lenge sin posisjon som folkets favoritt.
Hun hadde mange år i regulær drift, men i 1936 hadde skipet en grunnberøring. Den 4. desember gikk "Finmarken" på grunn ved Stokmarknes. Hun kom raskt i rute igjen, og fortsatte i tjeneste oppover kysten.
Den 9. april 1940 var "Finmarken" på sørgående rute, ved Måløy. Skipet deltok i troppetransport til Nordfjordeid, men etter dette oppdraget ble hun skjult i Hyen. På denne tiden hadde hun 8 personer om bord, alle som mannskap, med kaptein Falck som øverstkommanderende. Til alt hell var det tåke denne dagen, så "Finmarken" kunne seile ubemerket ut fjorden før tyskerne ankom Sandane. Falcks plan var å seile over til Shetland, men det ble fort klart at bunkersbeholdningen var for liten. Det ble derfor besluttet å seile nordover.
9. mai, én måned etter angrepet, ankom et gråmalt, ugjenkjennelig skip Stokmarknes. Om bord var det nå tomt for kull, men beholdningen ble fylt opp til kai. Det var fortsatt ikke et mål å bli liggende til kai i Norge, og en ny seilas var under planlegging. Den 8. juni la "Finmarken" fra kai, med Storbritannia som mål. Hun ble etter en liten stund tvunget tilbake av fly, i tillegg til at en bombe skadet skutesiden. Når kapitulasjonen var et faktum lå skipet på verksted i Tromsø.
Det ble bestemt at Hurtigruten skulle holdes gående gjennom hele krigen. "Finmarken" var ett av de tre skipene som holdt det gående alle fem årene, nesten uten avbrudd.
I mars 1941 hadde engelske og norske soldater et kommandoraid i Lofoten, spesielt i Svolvær. Dette var egentlig et øvelsesraid før D-dagen, men ble også en overtakelse av flere områder i nord. Det ble kamper med flere hundre soldater, og skip ble senket. Midt i dramaet denne dagen dukket det opp et rutegående passasjerskip. Svolvær var destinasjonen for skipet; "Finmarken" var i rute.
Høsten 1944 deltok "Finmarken" i tvangsevakueringen av Nord-Norge. Dette var dramatiske aksjoner som pågikk, men for "Finmarken" selv gikk det hele greit. Det var tyskerne som rekvirerte skipet til dette oppdraget, men ingen skader ble rapportert. Hun ble satt inn i Hurtigruten igjen etter at oppdraget var utført.
I mars 1945 var hele Hurtigruten omgjort til ukentlige seilinger mellom Trondheim og Tromsø. "Finmarken" var svært slitt etter krigen, og den 8. mai lå hun på verksted i Harstad. En ombygging var sterkt nødvendig, og Götaverken i Gøteborg fikk oppdraget. Den 26. november kom hun inn til Bergen på sørgående rute. Etter å ha losset skipet ble hun lagt opp i Vågen. Noen dager senere seilte hun til Fredrikstad, og fortsatte senere til verftet. Ombyggingen tok lang tid, og mye skulle gjøres. I tillegg til ny oljefyring, var det også lugarer og salonger som kom på plass. Etter en siste dokking i Oslo, kom "Finmarken" inn i rute igjen den 15. november 1946.